Le CNFPT compte 4 Instituts nationaux spécialisés d'études territoriales qui constituent avec l’INET le réseau des instituts. Ils sont chargés de la formation des cadres territoriaux tout au long de leur carrière.

Le CNFPT a une politique volontariste en matière de recrutement, d’intégration et de maintien dans l'emploi  des personnes des personnes reconnues « travailleurs handicapés ». Au-delà, il porte une attention particulière pour favoriser leur accueil au sein de toutes ses formations.